SMA Quantum Inti Indonesia mengimplementasikan Kurikulum Merdeka pada kelas X (Fase E) dan XI (Fase F) dan Kurikulum 2013 pada Kelas XII. Pada Fase E, peserta didik tidak dibagi menjadi kelas peminatan IPA atau IPS seperti kurikulum sebelumnya, melainkan mempelajari seluruh mata pelajaran wajib yang harus dikuasai. Pada topik yang berkaitan dengan dua atau lebih mata pelajaran, guru-guru akan menggunakan sistem collaborative teaching, dan mata pelajaran IPA serta IPS dilaksanakan dengan pendekatan terintegrasi.
Sebelum beranjak ke fase belajar selanjutnya (Fase F), peserta didik menyiapkan diri untuk menentukan Paket Mata Pelajaran Pilihan di kelas XI dan perlu berkonsultasi dengan guru BK, wali kelas, serta orang tua sebelum memutuskan kelompok mata pelajaran yang akan ditekuni. Untuk memastikan bahwa peserta didik mengambil paket yang tepat, sekolah juga mengadakan tes minat dan bakat yang menjadi salah satu rujukan rekomendasi. Paket Mata Pelajaran Pilihan yang ditekuni peserta didik di kelas XI dan kelas XII yang disediakan terdiri dari Paket A (Investigate & Realistic), Paket B (social), Paket C (Enterprising, dan Paket D (Artistik).
Pada Kurikulum Merdeka, selain mata pelajaran wajib dan pilihan, juga terdapat kegiatan Proyek Penguatan Profil Pelajar Pancasila (P5) yang mengacu kepada 6 tema projek yang terdiri dari tema (1) beriman, bertakwa kepada Tuhan YME dan berakhlak mulia, (2) mandiri, (3) bernalar Kritis, (4) kreatif, (5) bergotong royong, dan (6) berkebinekaan global.